Prima notizia si ha nell'inserto di una vendita del 1070, conservata nell’Archivio Cavense. Trattasi di una donazione in cui è illeggibile l'anno (solo mese e indizione). Il Ventimiglia accenna a un documento esistente nel predetto Archivio (a. 1113) dove è detto «di Priniano, forse da peri alberi di cui il suo territorio abbonda», ma da prediale romano. 

Il villaggio è compreso tra quelli restituiti nel 1276 alla famiglia Sanseverino. Nei Registri Angioini vi è notizia del «comestabulus Venafri, dominus castri Priniali» che con altri feudatari era tenuto a consegnare alla Regia Corte una vacchetta e una tenda per la spedizione che si preparava contro Costantinopoli. Precedentemente, però, pare fosse stato barone del luogo (a. 1208) Giovanni Alfonso Comodio di Salerno, secondo il Mazza. Il Ventimiglia afferma che a Salerno tale famiglia non esisteva, come quella dei Samudio. Tuttavia, una famiglia Samudio era effettivamente nel territorio, come si rileva dagli stati d'anime.

Pare che nei primi tempi dell'avvento aragonese al trono di Napoli, Prignano fosse stato concesso a un componente (Antonello) della famiglia Prignano che il Mazziotti opina fosse quella di Papa Urbano VI. Ma Papa Urbano (Bartolomeo Prignano) nacque a Napoli (intorno al 1318) e fu dapprima rettore «Studii Neapolitani» e vicario generale della diocesi e fu poi nominato arcivescovo di Acerenza (a. 1363) e di Bari (a. 1372). Resse la cancelleria vaticana e fu l’ultimo Papa eletto pur non essendo cardinale (a. 1379).

Antonello Prignano era intimo della famiglia Sanseverino. Da Giovannello di Sanseverino, conte di Capaccio, infatti, acquistò un feudo rustico (Piagare) nel territorio di Agropoli. Prignano fu poi  concesso dai Sanseverino, principi di Salerno, all'omonima famiglia, con il feudo di Vatolla che un altro Antonello Prignano e la moglie Giovannella d'Afflitto vendettero, in un anno imprecisato del ‘500, ad Antonio Griso. Gaspare Griso successe al padre Antonello, il cui nipote, Fabio di Prignano, alienò (a. 1458) Prignano e casali a Prospero Lanara. La famiglia Prignano si trasferì poi a Salerno, dove Giancarlo Prignano fu ascritto (15 aprile 1549) nel seggio di Portarotese. Il Mazziotti scrive che nel '600 i discendenti si trasferirono a Lucera.

Il Lanara vendette poi Prignano, con i casali di Melito e Puglisi (a. 1550) a Giovanni Alfonso Samudio (o Salmudio), il quale poi lo alienò a favore (a. 1556) dell'aragonese Giovanni Ayerbo, signore di Agropoli. Nel 1564 l'Ayerbo vendette Prignano, con patto di retrovendita, al noto poeta latino Bernardino Rota, riservandosi, come vassalli, alcune famiglie di Melito. L'Ayerbo poi cedette il diritto di riscatto (a. 1568) a Lorenzo Bonito e costui al fratello Massenzio che riacquistò Prignano e casali. Il figlio Tommaso rivendette il feudo a Cornelia de Pasca, dalla quale passò per rinuncia (a. 1610) al nipote Francesco Matarazzo. Un nipote di costui, nelle more di una imputazione di omicidio (era nel carcere della vicaria), cedette (d. 9600) il feudo, anche per soddisfare i suoi creditori, a Pompeo Landulfo.

Il discendente Ferrante e il figlio Pompeo vendettero poi (a. 1624) i tre villaggi per 15.000 denari. Nel 1649 il feudo fu alienato, con patto di riscatto, a favore di Pietro Brandolino, il cui erede vendette il feudo a Tommaso Cardone (a. 1701), il quale vi ebbe (19 marzo 1701) il titolo di marchese. Da Pietro Cardone (m. 26 agosto 1767) il feudo passò a Giuseppe (m. 13 febbraio 1797), da cui a Gaspare per successione paterna (15 marzo 1803). A quest'ultimo, per premorte di alcuni figliuoli, successe Giuseppe, il quale, con decreto ministeriale (a. 1895) ottenne il riconoscimento del titolo di marchese di Melito e del predicato di Prignano, con i quali è ascritto al Libro d'Oro della Nobiltà Italiana e all'Elenco dei Nobili e Titolati delle Provincie Napoletane.

Il Mandelli, nel suo manoscritto (f 101) ricorda l’aiuto dei prignanesi a Torchiara contro i turchi nell'incursione del 1563. 

L’Antonini, nel segnalare Prignano, aggiunge che più in là, «sul piano, fu già un’abitazione chiamata li Puglisi, oggi affatto distrutta», ricordando che il poeta Bernardino Rota, secondo il Campanile, era feudatario di Puglisi, Prignano e Melito. 

Il Giustiniani scrive che la popolazione del villaggio era composta, ai suoi tempi, di 900 abitanti, tutti dediti all'agricoltura e alla pastorizia. Nel censimento del 1489 il «casalis Prignani» aveva 60 famiglie con 334 abitanti, nel 1508 ne aveva 45 con 225 abitanti.